Alexandre Camargo Martensen
2021-07-08 21:48:18
Novas ferramentas de colaboração/comunicação como wikis, blogs, videos, open lab notebooks, gitHub, figShare, pré-prints, live figures, live code (ex. Shiny), data repositories, open reviews…
Foco na reprodutibilidade
Szkuta & Osimo (2012) 10.13140/RG.2.2.35128.03842
Ciência 1.0
Crédito estabelecido com base na revista, fator de impacto
Financiamento das editoras baseado na “venda” das revistas (acesso à informação)
Resumo do processo da descoberta e dos achados
Ciência 2.0
Financiamentos alternativos
Dados e códigos disponíveis, processo de obtenção dos resultados detalhadamente descrito através de “open lab notebooks”, mídia social, blogs, wikis, etc
Reproduzibilidade
Aberta: Não é apenas uma questão de “paywall”!
=> Reproduzível!!!
Inicialmente para você mesmo…
Seu orientador para você:
“Ficou muito legal, mas você usou uma versão antiga do banco de dados… Você terá que refazer tudo com o novo banco de dados”
“Your closest collaborator is you six months ago, but you don't reply to emails.”
Karl Broman
O método científico preconiza que a ciência seja reprodutível!
Isso significa que se um outro grupo de pesquisa pegar e fazer o mesmo experimento, seguindo exatamente os mesmos métodos descritos e empregados no trabalho, chegará nos mesmos resultados
Atualmente, com a ciência largamente sendo feita em computadores… isso significa que os dados e os códigos tem que ser disponíveis e organizados de forma que os resultados (incluindo figuras) possam ser obtidos novamente
A importância dessa reprodutividade é largamente reconhecida atualmente, porém, não é largamente aplicada, em grande parte pq os cientistas não dominam as ferramentas para tal
Este é exatamente o foco deste curso!
Adaptado de Karl Broman
Economiza tempo… em geral, temos que fazer uma mesma coisa várias vezes, e repetí-las fica mais facil quando temos os princípios da reprodutibilidade atendidos
Pode ser aplicado em outras situações mais facilmente, aumentando o impacto. Pessoas podem pegar os seus códigos ou os seus dados e fazer novas análises
Aumentam as chances de você estar certo…
Sources of error in the retracted scientific literature (Casadevall et al. 2014) doi: 10.1096/fj.14-256735
Em resumo… temos menos chance de estarmos errados!!!
Agora em rede… muitas cabeças pensando!
hackathons
Bootcamps
Design Thinking
blogs, discussões na internet, twitter…
Formulação de hipóteses
Modelagem
Distribuição dos erros
Forma da variável resposta
Data driven science é um pouco diferente (sem necessidade de se ter hipóteses)
Ribeiro MC, Holvorcem CGD, Marques A, Martensen AC, Metzger JPW, Tambosi L (2012) Data from: Monitoramento Independente da Cobertura Florestal das Bacias Setentrionais do Extremo Sul da Bahia. Dryad Digital Repository. https://doi.org/10.5061/dryad.p5t21
Reichman, O. J., Jones, M. B., & Schildhauer, M. P. (2011). Challenges and Opportunities of Open Data in Ecology. Science, 331(6018), 703–705. doi:10.1126/science.1197962
Versão de um artigo científico que precede a publicação “peer-reviewed”
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- Open reviews
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Green (aberto em páginas pessoais/embargo)
Outros
“…the basic means of communicating scientific results hasn’t changed for 400 years. Papers may be posted online, but they’re still text and pictures on a page.”
The scientific paper is obsolete - here is what is next https://www.theatlantic.com/science/archive/2018/04/the-scientific-paper-is-obsolete/556676/
//: # Tah com problema
Bibliotecas são feitas para se congelar…
Bibliotecas digitais são congeladas também…
PDFs são travados
“Perhaps the paper itself is to blame. Scientific methods evolve now at the speed of software; the skill most in demand among physicists, biologists, chemists, geologists, even anthropologists and research psychologists, is facility with programming languages and “data science” packages.”
https://www.theatlantic.com/science/archive/2018/04/the-scientific-paper-is-obsolete/556676/
Dificuldades:
‘‘wisdom of crowds’’
Identificadores (PMID, DOI, ISBN, etc)
Identificadores de autores (ORCID, researcherID, CrossRef, OpenID)
Metadados (RIS, BibTex, etc)
Semantic Web
Peter Dear, “Science Is Dead; Long Live Science,” Osiris 27 (2012): 37-55. https://doi.org/10.1086/667822